Descripción: La metagenómica basada en tecnología de secuenciación de alto rendimiento revolucionóen los últimos años el campo de la microbiología. Esta metodología permite estudiar a lascomunidades de microorganismos ambientales, tanto cultivables como no cultivables, apartir de su información genética. Para poder realizar este tipo de estudios fue necesarioinstalar, por primera vez en nuestro país, una plataforma de genómica y bioinformáticaque contara con el equipamiento necesario para la secuenciación masiva de ADN y elanálisis posterior de los datos. Los estudios metagenómicos realizados en este trabajo seenfocaron en dos ambientes contrastantes: Las lagunas de altura de la Puna Andina (LAPA) y los suelos de los agroecosistemas de la pampa húmeda (SAPH). Los microbiomasde LAPA en ambientes prístinos presentaron una biodiversidad relativamente baja y nocaracterizada previamente. Esto sirvió como modelo de análisis Taxonómico-funcionalpara describir los primeros estromatolitos vivos de altura en el mundo y biofilmscompuestos por haloarqueas encontrados por primera vez en la naturaleza. Los SAPH, porotro lado, son ambientes altamente biodiversos y con alto impacto antropogénicosirviendo como modelo de estudio del impacto ecológico sobre el microbioma en dichascondiciones. Específicamente para este fin, se generó el set de datos PAMPA de casi 8000millones de bases de ADN que ha sido posteriormente abierto públicamente para elanálisis comunitario. Esta investigación es pionera en nuestro país en el emergente campode la metagenómica ambiental por secuenciación masiva y es a su vez la más detalladacaracterización de microbiomas hecha hasta el momento en Argentina.