Estudio de señales en cis y trans en la determinación de los patrones de splicing alternativo

Institución otorgante:

Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales

Fecha:

2022-09-19

Tipo de documento: 

info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
 

Formato:

application/pdf

Idioma:

spa

Temas:

SPLICING ALTERNATIVO - PRMT5 - ARABIDOPSIS THALIANA - BIOINFORMATICA - GENOMICA - ALTERNATIVE SPLICING - PRMT5 - ARABIDOPSIS THALIANA - BIOINFORMATICS - GENOMICS

Descripción:

El splicing se encuentra presente a lo largo de las distintas especies de organismos eucariotas, representando una pieza clave en la inmensa mayoría de los procesos de regulación. Para que el mismo pueda llevarse a cabo, debe darse el reconocimiento de una serie de señales. En particular, los sitios donores y aceptores de splicing definen los límites del intrón y su reconocimiento constituye uno de los primeros pasos dentro del ciclo de splicing. A lo largo del genoma, estos sitios presentan una cierta variabilidad en su secuencia, la cual se encuentra relacionada con la posibilidad de regular su reconocimiento y establecer diversos patrones de splicing alternativo. Por otro lado, este reconocimiento se encuentra influido por la acción de una gran variedad de factores en trans que son reclutados al lugar donde se está llevando a cabo el splicing. En la primera parte de esta tesis, buscamos analizar la variabilidad de secuencia que presentan los sitios donores a lo largo de diversas especies eucariotas. Para esto construimos un modelo estadístico de máxima entropía para determinar patrones de correlación no triviales entre los distintos pares de posiciones que constituyen los sitios donores de splicing, en busca de determinar cuáles de éstos son comunes entre las 30 especies analizadas, y cuáles son característicos de solo algunos grupos. Si bien el proceso de splicing conserva un gran número de elementos en común en los organismos eucariotas, en los últimos años múltiples estudios han destacado la posible relevancia funcional de pequeñas diferencias entre las especies. Así logramos establecer patrones de correlación característicos en los sitios donores de splicing que distinguen a las especies vegetales de los metazoos y los hongos. En la segunda parte, nos abocamos al estudio del efecto sobre el splicing de PRMT5, un factor que, mediante la metilación de proteínas, participa de la regulación de múltiples procesos moleculares. Se ha propuesto que la acción de PRMT5 podría favorecer el reconocimiento de sitios donores débiles. Con el objetivo de determinar en qué medida el efecto que tiene PRMT5 sobre los patrones de splicing se encuentra influído por señales en cis, se realizaron experimentos de secuenciación de ARN (RNA-Seq) en plantas de Arabidopsis thaliana mutantes de PRMT5, pertenecientes a dos ecotipos distintos: Columbia (Col-0) y Landsberg erecta (Ler). De esta manera se buscó analizar el efecto que tiene la mutación ante la variabilidad genética que presentan estos ecotipos. Para poder discriminar los cambios relacionados con variaciones de las secuencias en cis, se analizó también híbridos F1 Col-0 X Ler y Ler X Col-0. Mediante estos análisis se llegó a la conclusión de que una parte importante de los patrones de splicing afectados por la mutación de PRMT5 dependen de señales en cis, teniendo una particular relevancia la fortaleza del sitio donor.

Identificador:

https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n7147_Beckel