Herramientas bioinformáticas para la predicción y análisis de estructuras de proteínas : de genomas a motivos estructurales

Institución otorgante:

Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales

Fecha:

2016-03-18

Tipo de documento: 

info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
 

Formato:

application/pdf

Idioma:

spa

Descripción:

Durante la última decada, varios estudios han mostrado que la anotaciónautomática de genomas resuelve muy bien el problema de recuperar información a partir de una secuenciación. A su vez, esto favoreció el crecimientodesmedido en la cantidad de genomas depositados en bases de datos que poseenuna anotación automática, para los cuales se volvería imposible realizar experimentossobre cada uno de los genes presentes en éstos genomas de manera demejorar el conocimiento disponible. Es por esto que, obtener una estructuramolde para construir un modelo 3D de una determinada secuencia, es unaherramienta poderosa para entender las funciones de las proteínas. Una vezmodelada la estructura, las interacciones presentes en ella aportan informaciónde la función proteica. En esta tesis desarrollamos un pipeline bioinformáticoque a partir de la secuencia de un genoma bacteriano puede identificar lasregiones codificantes, anotar su función y computa diversas propiedades delas proteínas codificadas. En una segunda etapa desarrollamos un pipeline depredicción de estructura secundaria y terciaria de proteínas que se integró conel sistema anterior. Finalmente, mediante el desarrollo de una base de datos deinteracciones de amino ácidos basada en el PDB, estudiamos en detalle las interaccionesaromáticas. Los anillos aromáticos forman clusters de interaccionesque tienen particularidades que difieren según hayan sido encontrados en el interiorde las proteínas o regiones de interacción proteína-ligando o interfacesde interacción proteína-proteína.

Identificador:

https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5960_Lanzarotti